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Ele nasceu na região da hodierna Kami-Amakusa, filho de Jinbei Masuda Masuda Jinbei (益田甚兵衛?), um ronin convertido ao catolicismo. O cativante adolescente era conhecido pelos seus seguidores como “mensageiro do céu”. A ele foram atribuidos poderes milagrosos.
Shiro, com apenas dezesseis anos, torna-se líder da Rebelião Shimabara, escolhido entre os outros quatro ronin que participaram da insurreição, por uma profecia atribuída a São Francisco Xavier, encontrada no texto deixado por um missionário jesuíta, expulso do Japão vinte e cinco anos antes, e contida em uma poesia onde se dizia que chegaria um rapaz "ame no tsukai" (em português "enviado do céu") que teria evangelizado o Japão.
Tomando conhecimento da revolta, o xogunato enviou tropas do Daimiô Itakura Shigemasa que, para tentar deter a revolta, aprisionou e torturou a mãe e as irmãs de Shiro, o qual decide entrincheirar-se dentro do castelo de Hara e combater o Daimiô com a ajuda dos camponeses católicos que o seguiam.