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O nome Hermafrodito deriva da união dos nomes paternos Hermes e Afrodite, respectivamente Mercúrio e Vênus na mitologia romana.
Seu mito mais famoso é encontrado nas Metamorfoses de Ovídio. Foi levado pelas ninfas até o Monte Ida, uma montanha sagrada da Frígia (no atual território da Turquia). Quando atingiu quinze anos, sentindo-se enfadado do lugar, viajou para as cidades da Lícia e de Cária. Estava nos bosques da Cária, perto de Halicarnasso (atual Bodrum, na Turquia) quando encontrou Salmacis, uma náiade, em sua morada numa lagoa.
Tomada de luxúria ante a beleza do jovem, ela tentou seduzi-lo, mas foi rejeitada. Quando pensou que ela havia ido embora, Hermafrodito despiu-se e entrou nas águas vazias do lago. Salmacis então saiu de trás duma árvore e mergulhou, enlaçando o moço e beijando-o violentamente, tocando em seu peito.